Mưa bão, lụt lội, đó là các hiện tượng dễ thấy nhất của El Niño. Lý do là dòng nước ấm ở phía đông Thái Bình Dương chạy dọc theo các nước Chile, Peru... đã đẩy vào không khí một lượng hơi nước rất lớn. Hậu quả là các quốc gia ở Nam Mỹ phải hứng chịu một lượng mưa bất thường, có khi lượng mưa lên đến 15 cm mỗi ngày. Điều bất ngờ là những cơn gió ở Thái Bình Dương tự dưng đổi hướng vào thời điểm có El Niño. Chúng thổi ngược về phía đông thay vì phía tây như thời tiết mỗi năm. Những cơn gió này có khả năng đưa mây vượt qua Nam Mỹ, đến tận România, Bulgaria, hoặc bờ biển Đen của Nga. Như vậy, một vùng rộng lớn của tây bán cầu bị El Niño khống chế. Năm 1997, toàn vùng này bị thiệt hại ước tính 96 tỷ USD do mưa bão, lũ lụt từ El Niño gây ra. Ngược lại, hiện tượng khô hạn lại xảy ra trên các quốc gia thuộc đông bán cầu. Do mây tập trung vào một khu vực có mật độ quá cao, do đó, phần còn lại của thế giới phải hứng chịu đợt hạn hán nghiêm trọng. Các nước thường xuyên chịu ảnh hưởng khô hạn do El Niño gây ra có thể kể: Úc, Philippines, Indonesia, Thái Lan, Việt Nam... Đợt hạn hán gần đây nhất ở Úc đã làm hàng triệu con kangaroo, cừu, bò... chết vì khát. Bang New South Wales suốt chín tháng không có mưa, hồ nước ngọt Hinze (bang Queensland) cạn kiệt. Tại Thái Lan, hơn một triệu gia đình bị thiếu nước trầm trọng. Tại Việt Nam, một vùng rộng lớn bị mặn xâm nhập, đặc biệt là tại Nam Bộ, gây khô hạn, thiếu nước ngọt và thời tiết khô nóng, không mưa kéo dài.